jQTouch es un aditamento que trabaja sobre jQuery y te permite programar interfaces de sitios que funcionen con dispositivos móviles como el iPhone, Android y Palm Pre.
Javascript no es sólo para páginas de internet. Prácticamente todos los sistemas operativos actuales pueden interpretarlo desde su línea de comandos. Este artículo es muy buena introducción para esto.
Estas dos herramientas tienen sus ventajas y desventajas; una es mejor para unas cosas, la otra para otras. Este sitio explica para que y cuando es mejor usar una o la otra.